Nieuws uit het lab

Hallo allemaal! Vorige keer heb ik verteld over het gebruik van bakkersgist om de onbrekende schakel (eiwit) te vinden. We hebben deze proef nu gedaan dus alle gistcellen die blauw zijn geworden hebben we getest. Nu hebben we dus een hele lange lijst van eiwitten die mogelijk de onbrekende schakel zijn tussen het CaMK2-eiwit en het Ube3a-eiwit. Zoals ik al eerder heb verteld zit in deze lijst echter ook veel eiwitten die niet goed zijn de ‘vals positieven’.

Om de lijst wat beter te maken moet ik deze proef dus een aantal maal herhalen. Zo krijg je heel veel lijsten en heel veel eiwitten die mogelijk de missende schakel kunnen zijn. Als we dan alle lijsten vergelijken hopen we zo eiwitten te kunnen vinden die telkens terug komen en zo de kandidaat lijst kleiner maken. Het is namelijk een onbegonnen taak om alle eiwitten te gaan testen.

Met goede moed en doorzettingsvermogen gaan we het experiment dus nog een aantal keer herhalen. Hopelijk komen we zo wat dichter bij dat ongrijpbare eiwit wat we zoeken.

Volgende keer meer!

Caroline

Statusbericht december 2009.

Caroline Bruinsma doet wetenschappelijk onderzoek naar het Angelman Syndroom. Daarvoor is ze aangesteld als assistent-in-opleiding (AIO) aan het Erasmus Medisch Centrum in Rotterdam. In deze nieuwsbrief doet ze verslag van het begin van haar onderzoek.

Het onderzoek naar Angelman is van start gegaan; ik ben nu drie maanden bezig. Mijn eerste werkzaamheden bestonden uit lezen: me inlezen in de wetenschappelijke literatuur. Ook heb ik wat dingen opgezet op het lab. Over het Angelman Syndroom zelf hoefde ik niet meer te lezen, want ik weet daar door mijn mastersonderzoek al aardig veel van.

Wel heb ik gelezen hoe andere onderzoekers vergelijkbare onderzoeksvragen hebben aangepakt om erachter te komen wat de meest succesvolle aanpak is.

Mijn onderzoek is voornamelijk gericht op het ophelderen van de relatie tussen twee genen met de namen Ube3a en CaMK2. We weten namelijk dat één gen ontbreekt bij Angelmanpatiënten, het Ube3a-gen. Dit gen bevat de informatie die nodig is voor het Ube3a-eiwit. Wat de functie is van het Ube3a-eiwit, dat ook ontbreekt, is nog onbekend. Wel weten we dat er een verandering plaatsvindt in een ander eiwit dat CaMK2 heet. Om een idee te krijgen waarover het gaat, is het handig om de eiwitten te vergelijken met tandwielen, zoals op het plaatje hieronder. Het eerste tandwiel representeert dan het Ube3a-eiwit en het laatste tandwiel het CaMK2-eiwit. Wij zijn dus op zoek naar het tandwieltje in het midden, dat met het vraagteken erin, dat de andere tandwielen met elkaar verbindt.

Om deze ontbrekende schakel te vinden, het zogenoemde 'targeteiwit', gebruiken we een aantal technieken. Eén van de technieken werkt met gewoon bakkersgist. In die gistcellen brengen we het Angelmaneiwit en een willekeurig ander eiwit bij elkaar. Als de eiwitten aan elkaar binden, dan treedt er een reactie op. De gist wordt dan blauw van kleur.

Dit doen we niet met één eiwit, maar met vele duizenden. Juist omdat we met gisten werken, kunnen we zo'n test redelijk snel doen. Een nadeel is dat er veel eiwitten tussen zitten, die wat we noemen 'vals positief' zijn. Dat betekent dat ze wel een reactie vertonen, maar niet belangrijk zijn. Dat is nu niet erg. Later zoeken we uit welke eiwitten wel en welke niet belangrijk zijn voor het onderzoek.

Deze proeven krijgen de laatste tijd steeds meer vorm en daardoor groeit ook mijn enthousiasme als onderzoeker. Ik sta echt te springen om te zien wat dit experiment ons gaat vertellen over het Angelman Syndroom.